芯片数据来源

重测序数据，对中外9 个鸡种进行基因组重测序，获得丰富的变异；

性状相关SNP 数据，利用已有GWAS 等关联分析研究结果，筛选饲料报酬、生长、肉质、胴体、抗病、繁殖等性状的SNP 位点；

组学筛选获得的差异表达功能基因，整合转录组测序、差异蛋白、互作蛋白筛选等研究，对主要功能基因及变异位点进行了筛选；

优选Affymetrix 600K 商业化芯片中的18K 位点，位点自主研发和已有信息有机结合。

芯片位点设计

优化设计：全基因组平均分布；

通用性：加入地方鸡种特征性SNP; 引用商业化芯片18K 位点， 确保互相Imputation；

有效性：20K 位点在有色羽和白羽等19个中外鸡种基因组中均匀分布；

功能相关性：14K 位点由GWAS 等研究鉴定获得与饲料报酬、肉品质、一般免疫、繁殖等经济性状相关；

通量适中：在全基因组选择育种实践中应用性价比高。